Die spanische Krone hatte die Souveränität der Mapuche-Völker und ihr Recht, ihr Territorium zu verwalten, in insgesamt 36 internationalen Verträgen anerkannt, zuletzt im Vertrag von Negrete von 1803. Die Regierungen der Republik Chile, die nach den Unabhängigkeitskriegen von 1810 bis 1818 entstand, gingen davon aus, dass das Mapuche-Land dem chilenischen Staat gehört. Die neue Republik war nach den Vorstellungen ihrer in Europa ausgebildeten Gründungsväter monoethnisch, die Mapuche und andere indigene Völker auf dem Staatsgebiet der Republik Chile sollten assimiliert und „geschützt“ werden. Die entsprechenden Ideen kamen aus der Aufklärung, der französischen Revolution und der Unabhängigkeitserklärung der Vereinigten Staaten.

Damals erstreckte sich Chile von Copiapo im Norden bis zum Fluss Bío-Bío und dann erst wieder vom Fluss Toltén und der Provinz Valdivia bis nach Feuerland. Dazwischen lag das Mapuche-Territorium, das später den Verwaltungsregionen VIII, Bío-Bío, und IX, Araucanía, mit insgesamt sechs von 54 Provinzen entsprach. In der neuen Republik Chile waren nach französischem Vorbild alle BürgerInnen per definitionem ChilenInnen. Die Nation war eine politische und juristische Einheit, die nur eine kulturelle Gemeinschaft anerkannte, die gegebenenfalls mit Feuer und Schwert hergestellt werden musste. Es galten die Prinzipien der US-Unabhängigkeit: ein Territorium, eine Sprache, eine Fahne. Gleichwohl erkannte die Republik Chile noch 1820 die Existenz einer Mapuche-Nation an, was damals im Amtsblatt so formuliert wurde: „Der Hafen von Valdivia liegt 140 Meilen südlich des Bío-Bío, der die Grenze Chiles darstellt. Das Land dazwischen umfasst die vier Butalmapus oder Provinzen des alten und nie eroberten Staates von Arauco.“ (Butalmapu bedeutet in der Mapuche-Sprache Mapudungun großes Territorium. Die vier großen Territo­rien sind jene der vier Konföderationen, in denen sich die Mapuche im Krieg organisierten, und entsprechen vier geographischen Zonen, der Pazifikküste, an der die Lafquenches leben, dem flachen Land hinter der Küste, auf dem die Lelfunches leben, dem Vorgebirge der Anden, in dem die Huenteches leben und dem Hochgebirge, in dem die Pehuenches leben.)

Zu Beginn des 19. Jahrhunderts lebte nur eine geringe Anzahl von SpanierInnen, ChilenInnen und MestizInnen im Küstengebiet der heutigen Provinz Arauco (eine der vier Provinzen der Region VIII, Bío-Bío), wo die Lafquenche siedelten, mit denen sie friedlich zusammenlebten. Als der Unabhängigkeitskrieg begann, hatten die Mapuche und die wenigen Siedler, die sich im Territorium der Lafquenche festgesetzt hatten, nichts mit den Ereignissen in Santiago zu tun.

Ein Teil der Grenztruppen und die Franziskaner, die die Jesuiten in Arauco abgelöst hatten, schlugen sich auf die Seite der spanischen Krone, ebenso die Lafquenche, weil sie den Vertrag von Negrete weiterhin für gültig hielten. Der Allianz von Lafquenche und spanischen Truppen gelang es, die Truppen der neuen chilenischen Republik vom Territorium der Mapuche zu vertreiben. Nach der Schlacht von Maipo am 5. April 1818 flüchteten einige Royalisten, die sich nicht geschlagen geben wollten, auf Mapuche-Territorium, wo sie mit Unterstützung der Indigenen ihre Kräfte neu organisierten. Die Mapuche-Führer verstanden, dass der „Krieg bis zum Tod“ des neuen chilenischen Staates nicht nur gegen die Spanier geführt wurde, sondern auch zum Ziel hatte, sich des Mapuche-Landes zu bemächtigen. Die lonkos (lokale Autoritäten) Francisco Mariluan und Juan Mañil Huenu, die im Krieg zu Feldherren, toquis, wurden, sahen in der neuen Republik eine Bedrohung. In den Jahren des „Krieges bis zum Tod“ waren die Mapuche gespalten in eine Mehrheit auf seiten der Spa­nier und eine Minderheit auf seiten der Republik. Zur Mehrheit gehörten die Lafquenche, Pehuenche und Huiliche, aber auch der Anführer der Republik-Freunde war ein Pehuenche-Lonko.

Das System der völkerrechtlich bindenden Verträge, das zwischen der spanischen Krone und der Mapuche-Nation entstanden war, wurde in der Republik durch Lüge und Verrat ersetzt. So berief Hauptmann Luis de los Ríos im Auftrag der Regierung von Ramón Freire für November 1823 eine neue Konferenz mit den Mapuche-Führern ein. Was dabei geschah, beschrieb der Schriftsteller und Politiker Benjamín Vicuña Mackenna in seinem Buch über den „Krieg bis zum Tod“ folgendermaßen: „In einer Versammlung, zu der über hundert Kaziken der Mapuche kamen, ließ der Hauptmann allesamt mit Verrat und dem Schwert massakrieren und verschonte nur einen blinden Kaziken, den er als Kriegstrophäe nach Concepción mitnahm.“

Der „Krieg bis zum Tod“ endete mit der Enthauptung des letzten spanischen Generals im Jahre 1824. Danach zerstreuten sich die Royalisten für immer. Mariluan verstand, dass die Niederlage der Krone auch die der Mapuche war, und versuchte, sich mit der Regierung der Republik zu arrangieren, mit der er ein Jahr später, im Januar 1825, den Vertrag von Tapihue schloss. Mañil Huenu zog sich in die argentinische Pampa zurück, wo er an der Seite der dortigen Mapuche im „Krieg der Wüste“ gegen das argentinische Heer kämpfte.

Die Beziehungen zwischen der Republik Chile und der Mapuche-Nation waren von seiten des chilenischen Staates geprägt vom Gedanken der Assimilation der „Wilden des Südens, Barbaren, Unzivilisierten“, wie die Mapuche damals tituliert wurden. Der Vertrag von Tapihue blieb ein Stück Papier, die Mapuche verteidigten ihr Territorium weiter. 1835 zum Beispiel zerstörte ein Kontingent von Pehuenche das Fort von Santa Barbara. Ein Jahr später wurde es wieder aufgebaut und die Grenztruppen wurden verstärkt.

Die Revolution von 1851, bekannt auch als Bürgerkrieg von 1851 zwischen Liberalen und Konservativen, bei dem Letztere siegten, nutzten die Mapuche, um gestohlenes Land zurückzuerobern. Aber sie wurden ebenfalls besiegt und verloren für immer die Provinz Arauco südlich des Bío-Bío. Unter Präsident Manuel Montt wurde ein Gesetz erlassen, das es erlaubte, indigenes Land an den chilenischen Staat oder Privatpersonen zu verkaufen. Damit verabschiedete das chilenische Parlament ein Gesetz, das außerhalb seines Hoheitsgebietes galt.

Als 1859 erneut Krieg zwischen Konservativen und Liberalen ausbrach, gedachte der Toqui Juan Mañil Huenu, der in­zwischen aus Argentinien zurückgekehrt war, die Gelegenheit zu nutzen, um die chilenischen Streitkräfte bis an den Bío-Bío zurückzudrängen. Eine vereinigte Streitmacht von Lefquenche und Pehuenche zerstörten Los Angeles, damals Hauptstadt an der Grenze, Nacimiento und Negrete. Der chilenischen Armee gelang es aber, das Blatt zu wenden und die Mapuche an den Río Malleco, einen Nebenfluss des Bío-Bío, zurückzudrängen.

Den Toqui Juan Mañil Huenu kann man mit dem Apachenführer Geronimo vergleichen. Beide sahen voraus, was passieren würde, wenn der weiße Mann endgültig ihr angestammtes Land eroberte. Geronimo hatte zwanzig Jahre früher gesagt. „Das weiße Vordringen in das Apachen-Territorium wird zerstörerisch sein für mein Volk.“ Mañil Huenu sagte seinerseits: „Das Heer des neuen chilenischen Staates wird in das Mapuche-Land eindringen, und Usurpation und Ausplünderung werden das Schicksal meines Volkes bestimmen.“

Bereits im Jahr 1813 wurde das erste Indigenagesetz der Republik Chile verabschiedet, in dessen Artikel 1 es heißt: „Alle wirklichen Indios, die heute in den sogenannten Indiodörfern wohnen, sollen künftig in formalen Städten angesiedelt werden, die an Stelle von zwei, drei oder mehr dieser Dörfer, errichtet werden. Diese Orte werden von einer Kommission ausgewählt. In diesen Städten werden die Indios dieselben sozialen Rechte wie alle chilenischen Staatsbürger genießen.“ Und in Artikel 8: „Die Regierung möchte alle Unterschiede in einem Volk von Brüdern auslöschen; deshalb wird die Kommission dafür sorgen, dass in diesen Städten auch Spanier und andere Nationalitäten leben und sich die Familien durch Eheschlüsse und andere natürliche und zivile Formen der Verbindung vermischen.“ Damals lebten die Indigenen noch isoliert vom Rest der chilenischen Bevölkerung in sogenannten Indiodörfern.

Durch Inkrafttreten des genannten Gesetzes verloren sie in den indigenen Regionen nördlich des Bío-Bío, die die Repu­blik damals kontrollierte, ihr Land und mussten in formale Städte umsiedeln. Die indigenen Ländereien wurden nach Artikel 4 desselben Gesetzes öffentlich versteigert. Zehn Jahre später, am 10. Juni 1823, wurde ein neues Indigenagesetz verabschiedet, das so schnell wie möglich die indigenen Gemeinden in Arbeitskräftereservoirs für die großen Haciendas in den Provinzen nördlich des Bío-Bío verwandeln sollte. In Artikel 3 des neuen Gesetzes stand: „Was den Indigenas derzeit an Land gehört, soll für immer ihr sicheres Eigentum bleiben“, gefolgt von Artikel 4, in dem zu lesen war: „Alles andere Land wird öffentlich versteigert.“ Das heißt, die Individuen, die am meisten boten, erhielten die indigenen Ländereien. Am 2. Juli 1852 wurde dann das außergewöhnlichste Gesetz Chiles verabschiedet. Darin hieß es: „Die Territorien der Mapuche müssen vom Staat Chile annektiert werden.“

Autoren dieses Gesetzes waren der konservative Präsident Manuel Montt und sein Kabinett. Im Artikel 1 es heißt: „Es wird eine neue Provinz mit dem Namen Arauco eingerichtet, die alle Indigenaterritorien südlich des Flusses Bío-Bío und nördlich der Provinz Valdivia umfasst.“ Das wäre die größte Provinz Chiles, umfasste sie doch die heutigen Provinzen Bío-Bío, Malleco, Arauco und Cautín. Als das Gesetz verabschiedet wurde, war die chilenische Regierung in den entsprechenden Territorien nicht vertreten, denn der Bío-Bío war die Südgrenze Chiles, wie es sechsunddreißig Mal in den Verträgen mit den Spaniern bestätigt worden war und danach von Bernardo O’Higgins Riquelme, dem Vater des Vaterlandes und ersten Präsidenten der Republik Chile, respektiert wurde.

Ein Jahr später erließ dieselbe Regierung von Manuel Montt das Dekret, mit dem der Verkauf des indigenen Landes reguliert wurde. Die Mapuche hatten damals wenig Ahnung von den weißen Gepflogenheiten des Grundstückhandels, weshalb sie nach Strich und Faden betrogen wurden. So wurde dieses Gesetz zu einem weiteren Instrument, mit dem die indigene Gemeinschaft zerstört wurde.

Bei den genannten Gesetzen geht es klar darum, das Land der Mapuche nördlich des Bío-Bío und in der heutigen Provinz Arauco zu rauben, um es den Haciendas zu übergeben, die bis 1971, dem Jahr der Agrarreform der Unidad Popular unter Salvador Allende, fortbestanden. Zwischen 1853 und 1863 wurden neun Dekrete erlassen, die sich mit dem Verkauf des Mapuche-Landes befassten. Dieser Prozess verlief voller Willkür und Unordnung, sodass sich 1866 die Regierung von José Joaquín Pérez bemüßigt sah, ein Gesetz zu veranlassen, nach dem der chilenische Staat zum alleinigen Eigentümer des indigenen Landes wurde. Hinfort waren Verkäufe von Mapuche-Land an Einzelpersonen verboten. Mit demselben Gesetz wurden die Mapuche-Familien in Reservate umgesiedelt. In seinen Artikeln 6 und 7 heißt es: „Wenn ein Achtel der Indigenafamilien des Reservates die individuelle Überschreibung des ihr zustehenden Landes wünscht, sollen die entsprechenden Grundstücke geteilt und vermessen werden, wobei der Kazike dreimal so viel Land bekommen soll wie ein Familienoberhaupt.“

Damit sollte die Mapuche-Nation weiter zerstört werden, indem man sie dazu ermunterte, die Lebensweisen der übrigen chilenischen Gesellschaft, in diesem Fall den individuellen Landbesitz, zu assimilieren. Die Parzellen, die so geschaffen wurden, hatten eine Größe von drei Hektar.

Der erwähnte Toquí Juan Mañil Huenu schickte seinen jüngsten Sohn, José Santos Kilapan, nach Salinas Grande in der argentinischen Provinz Neuquen, um bei dem Pehuenche-Lonko Kalfucura, dem Helden des „Krieges der Wüste“ der Mapuche gegen die argentinische Regierung von 1848 bis 1855, die Kriegskunst und die Weisheit zu lernen. Kurz vor seinem Tod um 1862 hatte Mañil Huenu seine Söhne zusammengerufen, um sie schwören zu lassen, ihre Lanzen nie zu übergeben und die weißen Chilenen nicht in das Mapuche-Territorium eindringen zu lassen. Nach dem Tod seines Vaters rief Santos Kilapan die Lonkos zusammen, um mit ihnen über den Widerstand gegen das Vordringen des chilenischen Heeres auf Mapuche-Territorium zu beraten. Der damalige Präsident der Republik, José Joaquín Pérez, war ebenso wild entschlossen, ganz Araukanien dem chilenischen Staat einzuverleiben. Santos Kilapan gelang es, entlang des Río Malleco an die zehn Jahre lang Widerstand zu leisten. Ab 1867 waren die Mapuche-Offensiven am Malleco so intensiv, dass sich das chilenische Parlament genötigt sah, die Situation zu diskutieren, um schließlich einen Friedensvertrag vorzuschlagen.

Kilapan weigerte sich, diesen Vertrag zu unterschreiben, weil er ihn als Kapitulation der Mapuche interpretierte. Sein Vater hätte ihm nie verziehen, die Unterwerfung der Mapuche-Nation unter den chilenischen Staat unterschrieben zu haben. Einen letzten Versuch, das Vordringen der chilenischen Streitkräfte am Malleco zu stoppen, unternahm der Toquí Kilapan zusammen mit seinen Brüdern Epuleo und Namuncura 1871, als sie die chilenischen und europäischen Siedler in der Region um die Städte Collipulli und Victoria angriffen. Die Mapuche wurden besiegt und massakriert, und Kilapan verstand, dass er diesen ungleichen Krieg nicht fortsetzen konnte. Er brauchte bessere Waffen und Verbündete.

Auch der Rat der Lonkos, die ihn unterstützten, war dafür, nach einem europäischen Verbündeten Ausschau zu halten. Just im geeigneten Augenblick erschien der französische Rechtsanwalt Orellie-Antoine de Tounens, der Geld und Waffen anbot, um den Krieg fortsetzen zu können. Der Franzose verstand, dass die Mapuche einen eigenen Staat brauchten, damit Araukanien völkerrechtlich anerkannt werden konnte. Die Mapuche hatten ein Recht auf Selbstbestimmung und entschieden sich für eine konstitutionelle Monarchie mit Orellie-Antoine de Tounens als König von Araukanien und Patagonien. Aber es war schon zu spät, als ein Schiff voller moderner Waffen aus Frankreich an der Südküste Argentiniens ankam. König Orellie-Antoine wurde gefangengenommen und nach Argentinien deportiert.

Das schnelle Ende der Regentschaft von Orellie-Antoine beschleunigte die militärische Eroberung Araukaniens, denn die Regierung der Republik musste befürchten, dass die eine oder andere ausländische Regierung das Königreich Araukanien und Patagonien anerkennen und die Gelegenheit für eine kolonialistische Expansion nach Südamerika nutzen würde. Die endgültige Eroberung des Mapuche-Territoriums war nicht nur militärisch, sondern diente auch der friedlichen Penetration, indem Städte gegründet wurden, Straßen gebaut, Telefonleitungen gelegt, Schulen und Krankenhäuser geschaffen wurden. Die dem chilenischen Staat einverleibten landwirtschaftlichen Nutzflächen wurden kostenlos an Siedler verteilt, die dort Weizen anbauen sollten. 1878 hatte der chilenische Staat seine Südgrenze bereits bis zum Río Traiguen vorangetrieben, es fehlte nur noch ein Schritt bis zur vollständigen Eroberung Araukaniens – um den Preis eines Massakers, wie es selten in der Geschichte Chiles geschehen ist.

Im Jahr 1878 starb José Santos Kilapan, der letzte große Toquí der Mapuche-Nation. Der Salpeterkrieg Chiles gegen Peru und Bolivien, der 1879 ausbrach und bis 1883 dauern sollte, gab den Mapuche neuerlich Gelegenheit, ihren Widerstand zu verstärken und ihre Kräfte zu einem allgemeinen Aufstand zu bündeln, der 1880 ausbrach. Nach Ende des Salpeterkrieges konzentrierte die Republik ihre militärischen Anstrengungen neuerlich auf die komplette Eroberung Araukaniens. Aber im Laufe des Jahres 1881 verstärkten auch die Mapuche ihre Anstrengungen mit immer neuen Angriffen auf die Festungen der Republik. Zwischen dem 3. und dem 10. November jenes Jahres tobte die Schlacht von Temuco zwischen Tausenden Mapuche-Kriegern und der chilenischen Besatzung des Forts von Temuco. Nach über 400 Mann Verlusten zogen sich die Mapuche zurück, und die chilenischen Truppen schwärmten zu Strafaktionen aus. Im Sommer des folgenden Jahres wurden auch die Pehuenche endgültig unterworfen. Mit der Gründung der Stadt Villarrica am gleichnamigen See, der auch die Quelle des Río Toltén ist, des südlichen Grenzflusses des alten Mapuche-Territoriums, am 1. Januar 1883 ging der Krieg der chilenischen Republik gegen die Mapuche nach über siebzig Jahren mit deren Niederlage zu Ende. Dabei hat Chile dem Mapuche-Volk nie den Krieg erklärt, sondern eroberte einfach sein Land mit Feuer und Schwert.